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GC-IMS技術(shù)助力超級細菌的快速檢測

更新時間:2024-05-20點擊次數(shù):1430

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血流感染(BSI)是危及人類生命健康的全身性感染疾病,可導致菌血癥、敗血癥和膿毒癥,嚴重者可引起休克、彌散性血管內(nèi)凝血(DIC)、多臟器功能衰竭乃至死亡。以大腸埃希菌和肺炎克雷伯菌(KP)為代表的革蘭陰性菌是血流感染的主要病原體,在中國由大腸埃希菌和肺炎克雷伯菌引起的血流感染超過50%。

 

隨著抗菌藥物的廣泛應用,碳青霉烯耐藥腸桿菌科細菌(CRE)流行與耐藥形勢嚴峻。碳青霉烯類耐藥肺炎克雷伯菌(CRKP)是CRE血流感染的主要致病菌,長期處于高水平流行狀態(tài),耐藥性日趨嚴重,并伴有較高的病死率。在中國CRKP在CRE分離株中的占比為60%~90%,由于多重耐藥菌株的快速傳播、高死亡率以及缺乏有效的抗菌藥物,CRKP所致BSI在臨床治療方面極具挑戰(zhàn)。

 

當前對CRKP的鑒定主要采用傳統(tǒng)的藥敏試驗,但非常耗時,需要數(shù)天甚至數(shù)周,容易延誤臨床治療的時機,因此,探索一種快速檢測CRKP的新方法具有重要的臨床意義。

 

 

研究成果

近日,南昌大學第二附屬醫(yī)院檢驗科胡龍華教授團隊基于氣相色譜-離子遷移譜聯(lián)用(GC-IMS)技術(shù),通過測定CRKP和碳青霉烯類抗生素敏感的肺炎克雷伯菌(CSKP)在血培養(yǎng)過程中產(chǎn)生的代謝性揮發(fā)性有機化合物(VOCs)的特異性改變,實現(xiàn)了對CRKP的快速鑒定,其研究成果發(fā)表在應用微生物領(lǐng)域?qū)I(yè)期刊AMB Express上(圖 1),為臨床微生物快速鑒定和藥敏試驗提供了一個新思路。

 

 

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圖 1 論文《GC-IMS技術(shù)助力在模擬血培養(yǎng)中耐碳青霉烯類肺炎克雷伯菌的鑒定》

 

胡龍華教授團隊基于KP的4種標準菌株和69株臨床分離株展開研究,使用相同的血培養(yǎng)條件,所有菌株產(chǎn)生的VOCs分別在氣相色譜離子遷移譜聯(lián)用儀(FlavourSpec®)上檢測,為了觀察亞胺培南(IPM,一種碳青霉烯類抗生素,具有超廣譜、高效能的抗菌活性,對多種病原體所導致的中重度混合感染有明顯的抗菌作用)對CSKP和CRKP的作用,標準菌株在血培養(yǎng)3h后分別加入終濃度為0.25mg/mL的IPM,并設置4個連續(xù)的時間點分別對菌液進行VOCs的檢測。同時為了探索鑒定產(chǎn)碳青霉烯酶(CBPM)的KP,對CRKP各亞型加入CBPM抑制劑進行研究。相關(guān)的實驗流程圖詳見圖 2:

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圖 2 實驗研究流程圖

 

經(jīng)過細菌培養(yǎng)和檢測,總共檢測出54種VOCs(其中6種VOCs同時檢測到單體和二聚體),包括4種有機酸、3種醇、3種酯、4種酮、2種吡嗪、2種苯衍生物和30種未定性VOCs。可定性VOCs詳見表 1,同時發(fā)現(xiàn)KP在培養(yǎng)5h后達到指數(shù)生長期的終點,后續(xù)時間點其VOCs的變化不明顯,因此相應的研究實驗均在5h(T2)時間點開展。

 

表 1 KP血培養(yǎng)種檢測到的可定性VOCs

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在CRKP和CSKP的鑒定中,在不添加IPM的條件下,通過檢測標準菌株的VOCs,發(fā)現(xiàn)5種VOCs在兩個組別種存在顯著性差異,相對于CSKP,CRKP的未定性物質(zhì)3#、21#、28#和正丁醇含量增加,而未定性物質(zhì)30#含量減少(圖 3)。之后主成分分析顯示上述5種VOCs可有效地區(qū)分CSKP和CRKP(圖 4),但這一差異會隨著時間推移而消失。

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圖 3 檢測到的5種VOCs在CSKP和CRKP組間的含量差異

(ATCC BAA-1706為CSKP標準菌株,ATCC BAA-1705/2146/2524為CRKP標準菌株)

 

為了進一步探究IPM對KP的生長代謝以及釋放的VOCs的影響,在標準菌株培養(yǎng)3h(T0時間點)后,加入終濃度0.25mg/mL的IPM,并在后續(xù)時間點檢測對應的VOCs。結(jié)果發(fā)現(xiàn)CRKP組的VOCs和未加入IPM前保持了相同的變化趨勢,而CSKP組的VOCs變化較為明顯,相對于CSKP組,CRKP組的3-甲基丁酸(單體、二聚體)、2-甲基丙烯酸(單體、二聚體)、乙酸、丁二酮和3-羥基-2-丁酮的含量顯著升高,而苯甲醛二聚體和丁酮的含量顯著降低。同時在未定性的物質(zhì)中,11種VOCs存在上升的趨勢,而2種VOCs存在下降的趨勢(圖 5)。

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在CRKP中,最為常見的是產(chǎn)CBPM的KP,為研究VOCs的檢測是否有助于鑒定產(chǎn)CBPM的CRKP,在標準菌株中加入IPM的同時,分別設置加入/不加入CBPM抑制劑進行對照研究,并在后續(xù)的時間點觀察VOCs的變化情況。以產(chǎn)A類碳青霉烯酶KP為例,結(jié)果表明,ATCC BAA-1705菌株在加入CBPM抑制劑后,和未加入CBPM抑制劑相比,出現(xiàn)了5種VOCs(苯甲醛二聚體、2,5-二甲基吡嗪二聚體、2-甲基吡嗪二聚體、丁酮和未定性VOCs15#)含量的上升以及13種VOCs(2-甲基丙烯酸單體和二聚體、丙酸單體和二聚體、乙酸、3-羥基-2-丁酮和7種未定性物質(zhì))含量的下降(圖 6)。通過PCA分析顯示CBPM抑制劑的加入可鑒定ATCC BAA-1705為A類產(chǎn)CBPM的CRKP(圖 7)。與之相似的是,加入CBMP抑制劑后,產(chǎn)B類碳青霉烯酶KP(ATCC BAA-2146)的VOCs發(fā)生了特異性改變。

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針對臨床分離的菌株,也先后通過加入IPM進行了CRKP的研究,以及加入CBPM抑制劑進行對產(chǎn)CBPM的CRKP的鑒定探索。本次研究涉及69例臨床分離株,其中25例CSKP和44例CRKP,在44例CRKP中,包含20例KPC陽性株、15例NDM陽性株、4例IPM陽性株和5例CBPM陰性株。

 

加入IPM后,相對于CSKP,各亞型的CRKP均出現(xiàn)了部分VOCs的顯著性變化(表 2,圖 8)。結(jié)果表明IPM的加入可有效地鑒定產(chǎn)CBPM的CRKP,包括KPC陽性菌株、NDM陽性菌株和IPM陽性菌株。

 

表 2 CRKP臨床分離株加入IPM后相對于CSKP的VOCs變化

CRKP亞型

升高的VOCs數(shù)

降低的VOCs數(shù)

KPC陽性株

15

7

NDM陽性株

16

11

IPM陽性株

14

12

CBPM陰性株

5

19

 

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圖 8 加入IPM后各亞型CRKP產(chǎn)生的VOCs的變化(相對于CSKP)

 

針對臨床分離株,通過VOCs的檢測鑒定產(chǎn)CBPM的CRKP,同標準菌株同樣的實驗操作方法,以加入B類酶抑制劑(DPA)為例,在T2時間點對VOCs進行檢測,結(jié)果發(fā)現(xiàn)在加入DPA后,部分VOCs出現(xiàn)了顯著的變化,包括KPC陽性株出現(xiàn)了4種VOC的升高和8種VOCs的降低;NDM陽性株出現(xiàn)了8種VOCs的升高和11種VOCs的降低;相比于NDM陽性株,IPM陽性株出現(xiàn)了1,2-乙二醇的升高和3-羥基-2-丁酮以及4種未定性VOCs的降低(圖 9)。

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圖 9 臨床分離株加入IPM和CBPM抑制劑后的VOCs的變化情況

 

綜上所述,本研究得到以下的結(jié)果:①通過血培養(yǎng)瓶中VOCs的相對組分檢測,可實現(xiàn)對KP的鑒定。②在加入IPM后,CSKP和CRKP釋放的VOCs的差異得到了進一步證實,從而發(fā)現(xiàn)了識別和鑒定CRKP的潛在VOCs指標。③CBPM抑制劑的加入使相應菌株中特異性VOCs的組成發(fā)生了明顯的變化,從而為CBPM表型的檢測提供了一種新的方法,為臨床引起B(yǎng)SI常見的KP的鑒定和耐藥性評估開辟一種快速的新方法。針對上述的研究結(jié)果,后續(xù)有待于進一步深化研究,開展更大規(guī)模的臨床多中心驗證以及前瞻性研究。

 

 

關(guān)于GC-IMS技術(shù)

氣相色譜-離子遷移譜聯(lián)用(GC-IMS)技術(shù)是將氣相色譜的高效分離與離子遷移譜的痕量快速分析優(yōu)勢相結(jié)合,經(jīng)過二次分離后得到保留時間、漂移時間和信號強度的三維譜圖,實現(xiàn)對各類樣品中VOCs的痕量檢測,目前廣泛應用于風味、泛環(huán)境和醫(yī)學檢測領(lǐng)域的研究。設備具有高靈敏度、適應性強、操作簡便、快速分析的特點,相關(guān)的檢測流程示意圖詳見圖 10,本研究對于KP產(chǎn)生的VOCs的檢測操作均在氣相色譜離子遷移譜聯(lián)用儀(FlavourSpec®)上完成。

 

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圖 10 GC-IMS檢測原理流程示意圖

 

 

 

 

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